Primenjuje se za ubrzano zarastanje kosti i mekih tkiva (stimuliše stvaranje kalusa), smanjenje upalnih procesa i otoka, kod neuralgija ili bolnih reumatskih stanja, kao i  kod saniranja sportskih povreda.

Magnetna terapija se može aplikovati lokalno na ograničenom polju. Broj kontraindikacija (recimo pacemaker) sveden je na minimum, što je i jedna od najvećih prednosti magnetne terapije. Može se aplikovati i kroz odeću, pa čak i kroz gips, što je čini terapijom izbora kod stanja koja zahtevaju dugotrajnu imobilizaciju, tako da se već od prvog dana postavljanja gipsane imobilizacije može primjenjivati. Prednost magneto terapije je u tome  što  može da se daje i u slučaju postojanju metala u telu.